La coccidiose est due à la multiplication dans l'intestin de petits protozoaires du genre Emeriidae après l'ingestion d'ookystes sporulés présents dans les litières souillées par les crottes des brebis porteuses saines. L'apparition ou non de la maladie dépend :

de l'espèce de coccidie en cause (seulement 2 sur les 11 connues chez le mouton sont pathogènes) ;

de la quantité d'ookystes ingérés dès la naissance (la charge de départ est le facteur de risque principal) ;

de la capacité des coccidies à se multiplier dans la muqueuse intestinale et à détruire cette dernière (l'immunité des agneaux est fragile avant l'âge de deux mois et tout stress peut favoriser cette étape du cycle parasitaire).

Le diagnostic fait surtout appel à l'expérience de l'éleveur. Il est basé sur les symptômes évocateurs (agneaux à faible croissance, ventrus, à laine piquée et parfois avec diarrhée noirâtre), sur la prise en compte des conditions favorisantes (chaleur et humidité, périodes de stress tels que le sevrage ou l'allotement) et sur les résultats de la coprologie. Mais attention : l'excrétion des ookystes est souvent tardive, en fin de maladie. Une analyse coproculture négative peut ainsi être trompeuse !

Le traitement fait appel aux sulfamides ou aux anticoccidiens spécifiques par voie orale en début d'expression des symptômes (se conformer à la prescription du vétérinaire).

Mais il faut surtout miser sur la prévention :

maîtriser l'ambiance des bâtiments (aération, température et hygrométrie) ;

maintenir les litières propres et sèches (attention aux abords des abreuvoirs) ;

éviter la surdensité en bergerie ;

limiter les stress lors du sevrage, des manipulations et du transport ;

utiliser du vinaigre de cidre dilué dans l'eau de boisson en cures de 10 jours (5 à 10 ml par agneau).