Clavibacter, cladosporiose, bioagresseurs des cultures, To-BRFV... La tomate est un fruit particulièrement sensible à toutes sortes de maladies, offrant un large spectre aux recherches envisageables pour les instituts. L'Aprel et l'Inrae se retrouvaient ainsi le 21 juin, pour une après-midi, le temps d'évoquer l'avancée des divers travaux collaboratifs en cours.

Dans un premier temps, Claire Goillon, directrice et chargée d'expérimentation de l'Aprel, est revenue sur le projet 'Clavinnov', piloté par la station d'expérimentation et financé par un programme Feader en région Paca. Lancé en 2018, il est maintenant sur sa dernière année. À l'interface entre la recherche, le développement et l'expérimentation, il est mené en collaboration avec plusieurs Ceta maraîchers et Rougeline.

Ce projet a permis de belles avancées sur le développement d'un outil de détection du Clavibacter michiganensis michiganensis, un agent responsable de la maladie du chancre bactérien en culture de tomate. "L'objectif lié à l'utilisation in situ de cet outil est d'améliorer la gestion de la maladie, via la détection et l'élimination de plantes infectées et de sources d'inoculum sur des surfaces inertes constitutives des structures des serres", énonce Christelle Lacroix, chargée de recherche en pathologie végétale à l'Inrae.

Caractérisé par l'apparition de petites taches sur les feuilles pouvant aller jusqu'à la mortalité de la plante, la propagation de la bactérie se fait entre plantes par contact et via les graines, se disséminant au sein des plantes dans les vaisseaux conducteurs.

Pour cette raison, le projet a vu le jour dans l'idée de proposer un outil innovant pour une meilleure détection. "Il s'agit d'une combinaison de techniques de biologie moléculaire optimisée en laboratoire, puis transférée sur le terrain", précise Claire Goillon. La technique 'Lamp' (Loop Mediated Isothermal Amplification) permet la détection sur végétal : "On effectue un prélèvement de limbe foliaire ou de pétiole, l'échantillon excisé est mis dans une eau ultra-pure qui est ensuite testée". Une détection sur surface inerte peut également être réalisée avec un écouvillon frotté sur la surface, mis dans une eau peptonée, puis testée.

La chargée d'expérimentation le reconnaît : cet outil "n'est pas comme le Nitratest ou la bandelette. Il est difficile d'imaginer le producteur le faire lui-même, car il se réalise en laboratoire. Mais, de cette façon, nous montrons tout de même que c'est rapide et qu'avec un échantillon à moindre coût face à la bandelette à 5 €, la solution est assez économique". Économique, mais également plus spécifique (bactérie ciblée) et sensible (faible quantité de bactérie dans l'échantillon) dans la détection. Une version de terrain sera bientôt opérationnelle, mais dans une perspective de tests réalisés par les stations pour les producteurs. "La technique est en cours de transfert de l'Inrae vers l'Aprel", assure Claire Goillon. La suite à donner au projet est encore en réflexion.

Mieux gérer la cladosporiose

Très problématique dans les années 80, le champignon s'est bien régulé grâce aux améliorations génétiques, "mais il est de nouveau préoccupant depuis 2014, avec le retour de variétés anciennes", contextualise Pauline Duval, chargée d'expérimentation de l'Aprel. Caractérisée par l'enroulement et le dessèchement des feuilles - ce qui peut avoir un important impact sur le développement de la plante -, la cladosporiose est l'une des maladies les plus observées après l'oïdium et le botrytis. "Pour le réseau, il s'agit même de la maladie la plus préoccupante, car si on n'a pas de variétés résistantes, une fois qu'elle est dans les serres, c'est compliqué", interpelle la chercheuse.

Avec le projet 'Resistom', piloté par l'Aprel et financé par FranceAgriMer, en collaboration avec Terre d'essais et Planète Légumes - lancé en 2021 jusqu'en 2023 -, la recherche se penche sur les variétés résistantes, mais cherche également à mieux appréhender les facteurs favorisant le développement de la clado, ainsi que l'utilisation des solutions de biocontrôle. "Nous sommes partis du constat qu'il existait des modalités favorisant le développement de la maladie. Nous avons suivi les conditions climatiques, l'évolution du champignon, les interventions phytosanitaires des producteurs et l'apport nutritif d'azote, le tout sur un réseau de cinq parcelles d'une variété de Cœur de Bœuf sensible, la cauralina chez Gautier Semences, et avec des conduites culturales différentes", détaille Pauline Duval. Des focus sur l'humectation foliaire et les températures ont également été réalisés.

De ces observations ressortent quelques prérequis pour lutter contre la cladosporiose : les variétés résistantes, les outils de production limitant l'humidité, et une date de plantation adaptée.

Concernant les biocontrôles, les tests de screening en laboratoire avec Vegenov - laboratoire partenaire du projet en Bretagne - livrent leurs premiers résultats. "Nous avons testé environ 40 produits homologués sur tomate. L'huile essentielle d'orange douce semble être la plus efficace, avec un renforcement lorsqu'elle est pulvérisée sous les feuilles. Il faut toutefois faire attention, car elle est peu compatible avec le Macrolophus et il y a des risques de phytotoxicité", poursuit Pauline Duval. Le même protocole est suivi pour 2022, et d'autres tests se poursuivent en plein champ.

Combiner les leviers alternatifs pour la protection des cultures

Pour le projet 'CapZéroPhyto' piloté par l'Inrae et regroupant 15 partenaires, l'étude se déroule cette fois sur six ans, avec pour stratégie globale l'action de cinq leviers immunitaires, afin de cibler les principaux bioagresseurs des cultures dont l'oïdium, le botrytis et le mildiou (Phytophthora infestans). Le tout en intégrant une approche économique, afin de mesurer la faisabilité et l'accessibilité de l'éventuelle solution en devenir.

"Sur le volet génétique, nous avons cartographié la résistance aux bioagresseurs et la réponse de leviers ponctuels sur la résistance génétique", explique Bernard Caromel, ingénieur d'étude à l'Inrae. Cela aura permis aux chercheurs d'identifier des accessions résistantes pour le mildiou. En 2023 devraient débuter les cartographies pour le botrytis et l'oïdium.

Parallèlement se pose la question de l'efficacité des biocontrôles, modulée par la génétique de la plante. "Pour le moment, nous travaillons sur sept produits en cours de développement par les industriels du secteur et dont les noms ne peuvent pas encore être divulgués", affirme Marc Bardin, directeur de recherche à l'Inrae en pathologie végétale. Des tests de ces produits se poursuivent sur les bioagresseurs.

"Une fois la question de l'efficacité répondue, il sera possible d'aller plus loin, notamment dans l'identification des gènes impliqués dans la réponse des plantes aux agents de biocontrôle. Une thèse va commencer, pour tenter d'identifier les combinaisons résistances-biocontrôles favorables, avec pour objectif l'élaboration d'outils pour la création de variétés adaptées à l'utilisation de stimulateurs de défense des plantes", poursuit le directeur de recherche.

Les tests de lampes UV-C ont, quant à eux, été peu convaincants sur le botrytis, assez contrastés pour l'oïdium et intéressants pour le P. infestans. "Mais faut-il le faire en préventif ou en curatif" ? Là aussi, les études continuent : la recherche ne connaît pas de pause.